3Dモードでは、2色ヨッチは「特別なヨッチ」出現ポイントで、稀に仲間にすることができます。つまり、「特別なヨッチ」の出現が鍵となりますが、特別なヨッチは、すれ違い通信が一定以上起こった時にフィールド上に表示されるようです。
　

すれ違い通信をしているとマップ上に表示されるヨッチマークが目印ですね。
　

特別なヨッチは、以下いずれかの行動を取らない限り、フィールド上から消えません。

仲間にする
逃がす
電源を消す

特別なヨッチはフィールドを移動した程度では消えませんが、冒険をやめてしまうと消えてしまうのでご注意を。（セーブされません）
　
また、特別なヨッチ出現ポイントは何か所かあり、同時に数か所でヨッチマークが表示されますが、どこのポイントでも同じステータス（色、やる気、攻撃力）のヨッチが手に入る仕様になっています。
　
3Dモードにおける出現条件は、結論から言うとまだわかってませんが、2色ヨッチは連続して出現することが多いので、戦歴やプレイの状態が条件になっているような気がします。いま解析してますので、もう少しお待ちを。

2Dモードの場合

2Dモードでは、2色ヨッチは稀に隠れスポットに現れます。しかし、3Dモードと違うところは、マップを移動すると消えてしまうという点です。
　

２色ヨッチが出現したときに、何もせずに外に出ると・・・
　

すぐに同じ隠れスポットに入りなおしても、色が変わってしまいます。
色が変わった後は、何度同じスポットに入りなおしても、同じステータス（色、やる気、攻撃力）のヨッチが佇んでいます。（名前だけ変化する）
　
　
ヨッチ村での説明によると、２色ヨッチの出現には条件があるようなので、その条件を明らかにし、２色ヨッチを大量に仲間にしたいと思います。何かわかったらアップデートしますね( ｀ー´)ノ